Allahü Teala da bundan sonra Nuh aleyhisselam'a gemi yapmasını emretti: « Gözlerimizin önünde ve vahyimiz (emrimiz) uyarınca gemiyi yap ve zulmedenler hakkında bana (bir şey) söyleme ! Onlar mutlaka boğulacaklardır ! » (Hud, 37) . Gemi bitince tufan oldu (denizler taşti ve her taraf su oldu). Nuh aleyhisselam sayısı 80 kisi kadar olan mü'minler ile 3 katlı olan gemiye bindi. Nuh aleyhisselam gemiye her hayvandan birer çift aldı. Oğlu Ken'an'i da gemiye almak istedi, ama o "Beni sudan koruyacak bir dağa sığınacağım" dedi, gemiye binmedi ve hemen bir dalga onu alıp boğdu. Allah Teala da Nuh aleyhisselamın bu oğlu hakkında af dilemesine karşılık: « (...) Ey Nuh ! O asla senin ailenden değildir. Çünkü onun yaptığı kötü bir iştir. O halde hakkında bilgin olmayan bir şeyi benden isteme.(...) » (Hud, 46) buyurdu.
Sular dağları aştı, insanlar ve hayvanlar telef oldu. 150 gün geçtikten sonra Allahü Teala: « Yere suyunu Çek; göğe: ey gök sen de yağmurunu tut » buyurdu ve bunun üzerine yağmur durdu, sular çekildi. Gemi Irak'taki Cudi dağına oturdu. Hz. Nuh'a inanıp kurtulan insanlar aç oldukları ve dağda yiyecek olmadığı için Nuh aleyhisselamın emri üzerine ellerinde olan bütün yiyecekleri birleştirdiler ve böylece ilk defa Aşure yemeğini yaptılar. İnsanlar Nuh aleyhisselamın 3 oğlu Sam, Ham ve Yafes'ten türediği için Hz. Nuh'a ikinci Adem de denir. Nuh aleyhisselamın 1000 yaşında vefat ettiği söyleniyor, ama Kur'an-ı Kerim'de : « Andolsun ki biz Nuh'u kavmine gönderdik de o 1000 yıldan 50 yıl eksik bir süre yanlarında kaldı.(...) » (El-Ankebut, 14) geçiyor. . Hz. Nuh gemicilerin ve marangozların piri sayılır, çünki bu işleri Allah'ın ihsanıyla ilk defa o yapmıştır.
Hz. Nuh'un evladlarına vasiyeti
« Bunlardan (ilk) ikisini bırakmayınız, ikisini de hazer ediniz (yapmayınız)
1. La ilahe illallah
2. Subhanallah vebi hamdihiy'dir
3. Gavurluktan (sakının)
4. Kibir ('den sizi nehyederim) »